[Topic Unique] Crise sanitaire COVID-19

fourcroy, rien que dans l'en-tête de l'article, j'ai un doute: il parle de faire comme les pays asiatiques mais c'est beaucoup trop tard pour ça.

Tester, tracer, confiner les malades, ça suppose d'être au début d'une vague et de casser toutes les chaînes de contact dès qu'elles se présentent, or on n'a pas été assez sérieux pour créer et utiliser une application smartphone qui fonctionne, pour respecter la distanciation et faire preuve d'un comportement responsable en cas de contact avéré.
Quand il dit qu'il faut tester massivement et faire comme la Slovaquie qui a testé les 3/4 de sa population en quelques jours, il faut savoir que la Slovaquie c'est 5 millions d'habitants. Bib' peut nous dire si on est capable de tester 66 millions de français en quelques jours.

Dans l'absolu il a raison mais en pratique, j'ai peur que notre société en soit incapable.

C'est possible, mais il faut que tout les labos équipés en pcr s'y mettent mais il faut aussi une harmonisation des techniques, ont sait pas le nombre de ct sur les comptes rendus, on te dit positif mais tu ne connais pas le portage virale.
Là tu pourrais vraiment agir et isoler les supers contaminateurs.

Information

Tests de diagnotic ultra sensibles, les tests RT-PCR sortent positifs même pour des individus qui portent trop peu de virus pour être encore contagieux. Pour en faire de meilleurs tests de contagiosité, certains appellent à baisser leur seuil de détection. Est-ce une bonne idée ? Quelles sont les limites de cette solution ? Décryptage.

Pas de place pour la nuance. C’est positif ou négatif. Le résultat d’un test de dépistage du Covid-19 par RT-PCR est binaire, sans aucune indication sur la quantité de virus présent - la charge virale - et sans hiérarchisation.

Pour Sylvie Van der Werf, responsable du centre national de référence des virus respiratoires de l'Institut Pasteur, cela a quelque chose de « problématique » : « Un résultat positif proche du seuil de détection, donc avec très peu de virus, est rendu avec le même poids qu'un autre avec un Ct à 12 ou 15, synonyme d’une positivité certaine et d’une contagiosité potentiellement très forte. »

Ce qui est lourd de conséquences si l’on utilise la RT-PCR pour évaluer la contagiosité des individus : une analyse publiée par le New-York Times le 29 août estime que, sur des ensembles de cas testés positifs – et donc placés en isolement - cet été sur la côte Est des Etats-Unis, 85% à 90% n’étaient pas contagieux ! Si ces chiffres ne peuvent être généralisés, ils illustrent un écueil majeur de l'usage des tests RT-PCR de diagnostic comme tests de contagiosité.
Cycles d'amplification

Le « Ct », ou « Cycle Threshold » est le nombre de cycles d’amplification nécessaires afin d’atteindre une valeur seuil de fluorescence, qui permet de déclarer que l’échantillon est positif au Sars-CoV-2. C’est le principe d’une PCR : dupliquer des séquences génétiques virales contenues dans un échantillon prélevé chez un patient au cours de cycles d’amplification successifs, jusqu’à pouvoir les détecter grâce à des marqueurs fluorescents.

S’il y a beaucoup de virus dans l’échantillon d’origine, il suffira d’un petit nombre de cycles pour atteindre le seuil de fluorescence : le Ct sera petit. A l’inverse, une faible charge virale exigera un grand nombre de cycles : le Ct sera élevé. Tels que pratiqués aujourd’hui, les tests RT-PCR considèrent comme positif tout échantillon ayant un Ct allant jusqu’au maximum prévu par le fournisseur de la machine et du kit de réactifs, soit souvent plus de 40.

Autrement dit, même une très faible charge virale donne un résultat positif. Cette haute sensibilité est bienvenue pour un diagnostic mais elle donne une information erronée pour identifier une personne contagieuse.
Baisser le Ct ? Oui mais à combien ?

Face à la trop haute sensibilité des tests RT-PCR pour un test de contagiosité, certains appellent à réduire le seuil au-delà duquel un patient est considéré comme positif. C’est le cas de chercheurs interrogés pour l’article du New York Times.

C’est aussi le cas de Bernard La Scola, professeur de microbiologie à l’Institut hospitalo-universitaire (IHU) Méditerranée infection à Marseille, favorable à une révision des règles d’interprétation avant de rendre le résultat du test : « Je serais d'avis de définir un Ct au-delà duquel le patient n’est plus considéré comme positif, ajoute-t-il. Le résultat rendu doit être utile et aider à prendre des décisions pertinentes. »

A combien faudrait-il baisser le Ct seuil au-delà duquel un patient n’est plus considéré comme positif ? Ou plus exactement, considéré comme présentant un risque faible de transmettre le virus. Certaines recherches effectuées depuis le début de la pandémie offrent des premières pistes.
Comparaison avec une culture virale

Plusieurs études ont étudié la corrélation entre le Ct obtenu sur un prélèvement positif au Sars-CoV-2 et la possibilité de cultiver le virus présent dans l’échantillon sur des cellules in vitro – une condition nécessaire mais non suffisante pour que l’échantillon soit infectieux.

Un article pré-publié sur le site medRxiv en juillet dernier en fait la synthèse. « Aucune culture virale n’a été obtenue à partir d’échantillons […] avec des Ct inférieurs à 24 ou 34, indiquent les chercheurs. La possibilité de cultiver du virus décroit lorsque les Ct augmentent. »

Considérée dans cette synthèse, une étude réalisée à l’IHU Méditerranée infection à Marseille a été publiée le 27 avril dans la revue European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. Premier auteur, Bernard La Scola explique que sur les 183 échantillons analysés, il n’est plus possible de cultiver du virus in vitro lorsque le Ct dépasse 34. « Nous avons poursuivi depuis et avons aujourd’hui beaucoup plus de prélèvements qui confirment ces résultats », assure-t-il.

Plus récemment, des résultats similaires ont été rapportés par des chercheurs de l’Agence de santé publique anglaise dans un article paru le 13 août dans Eurosurveillance : « La probabilité de cultiver du virus chute à 8 % dans des échantillons pour lesquels le Ct est supérieur à 35. »
Des Ct pas très accordés

Une difficulté empêche toutefois de graver dans le marbre une valeur de Ct au-delà de laquelle un patient pourrait être considéré comme non contagieux : « Les Ct ne sont pas des valeurs absolues », souligne M. La Scola.

« Pour un même échantillon, ils seront différents d’un laboratoire à l’autre et ne peuvent pas être comparés de manière systématique », ajoute Laurence Prots, directrice de l'Unité Fonctionnelle de Microbiologie Cerballiance Alpes Maritimes, pour qui vouloir tirer des conclusions concernant la contagiosité à partir des Ct est une « fausse bonne idée ».

En effet, les valeurs de Ct dépendent de nombreux paramètres qui vont de la qualité du prélèvement à la méthode d’extraction pour purifier l’ARN présent dans l’échantillon prélevé, en passant par le gène cible considéré, les réactifs et la machine PCR…
Symptômes, chronologie et biologie médicale

De plus, un écueil majeur de ce type de raisonnement vient du moment auquel est effectué le test par rapport à l’infection. Un patient testé trop tôt - avant l’apparition des symptômes - aura une charge virale faible et un Ct élevé.

Interpréter son test comme négatif serait une erreur majeure puisque ce même patient pourra avoir une charge virale beaucoup plus élevée et être très infectieux 48 heures plus tard, à l’apparition des symptômes.

« La contagiosité d’un patient doit être évaluée à partir des informations cliniques, de son historique, et des résultats de la biologie médicale », insiste Mme Prots.
La RT-PCR quantitative pour mettre tout le monde d’accord ?

La variabilité des Ct et la difficulté de comparer les résultats d’un laboratoire à l’autre sont d’ailleurs illustrées dans la synthèse de la littérature scientifique citée précédemment : les Ct au-delà desquels il devient difficile de cultiver du virus sur des cellules in vitro varient de 24 à 34…

Les scientifiques consultés s’interrogent tout de même sur la valeur de 24, qui paraît particulièrement basse. « Dans notre laboratoire, avec un Ct de 25 nous parvenons à cultiver le virus dans 70 % des cas, remarque M. La Scola. A l’évidence, les patients sont contagieux. »

Pour lever les incertitudes et comparer les résultats d’un laboratoire à l’autre, une solution pourrait venir de l’utilisation non pas du Ct, mais de la charge virale de l’échantillon - exprimée en nombre de copies du génome par millilitre - obtenue grâce à une analyse RT-PCR quantitative. De quoi, peut-être, mettre tout le monde d’accord.

https://www.industrie-techno.com/articl ... ieux.61734
Les structures et le personnelle pour tester on doit les avoirs,tu as les unités inserm, cnrs, inra, les labos vétos, les labos d'analyses médicales privés, la labos agro-alimentaire, on était à un million de tests par semaine en se servant que des labos d'analyses médicales classiques.
Là où on a perdu du temps c'est qu'on a pas fait du dépistage ciblés, sur les personnes qui ont eu des symptômes grippaux lors du premier confinement, et ceux qui avaient été contacts et ceux qui étaient malades.
Là on a eu tout le monde, dont certains qui venaient plusieurs fois par mois.... on a testé pour testé sans agir derrière.
Tester correctement, isoler et Traiter.
La on a fait de la communication et rien coordonnés, et on a fait qu'annoncer une seconde vague mais on l'a pas préparé, en six mois tu formes les gens.
Tout à était fait en dépit du bon sens.

En fait, cette histoire de pandémie et, plus encore, le confinement, c'est des conneries.

Franchement ? C'est peut-être bien écrit d'un point de vue littéraire, mais c'est rempli de sophismes absurdes et non d'arguments solides.

Les séismes au Japon ? Vraiment, quel putain de rapport ? Il n'y a pas de vaccin anti-séïsme, du coup il faut abandonner la recherche à ce niveau ?

Les morts de BPCO ? Principalement lié au tabac, rien à voir avec une maladie transmissible.

Le choléra ? Ce n'est pas du tout le même mode de transmission.

Pas de surmortalité en France ? C'est une fakenews débunké de nombreuses fois.

Franchement, il y a pas grand chose qui tient debout.

http://www.francesoir.fr/opinions-tribu ... u-au-monde

J'adhère à cet article, complétement.
Ce sera mon dernier post en ce qui me concerne et pour ce fil.
Ce que j'étais "avant", n'existe plus. Quand je ne suis pas bouffé par des poussées de rage, c'est la déprime et l'envie de partir qui me prend.
Je dois accepter que je suis différent, plus négatif et plus dur, plus égocentrique, plus "un tas de choses grises/noires".
La foi en ceux qui donnent les ordres, je l'ai perdue depuis longtemps.
Bon courage à ceux qui continueront à poster ici.

Pour le coup, j’allais bien mais c’est l’article qui vient de me déprimer , je vais reprendre un whisky.

Entre le dernier article de Fourcroy et celui ci , cela me correspond totalement.

J ai serré ce week-end, tous les championnats arrêtés, plus de foot pour moi , plus de basket non plus , plus d entrainements des petits , qui me sortait de mon quotidien et surtout de mon boulot.

Demain , j irai faire un basket avec 4 5 collègues, tant pis si je me prends une amende , mentalement , je suis en train de péter une durite !!

L'art de la résilience au XXIème : être dur envers les autres et doux envers soi-même.

Chronique d'une génération d'enfants égoïstes et apeurés, vivant de réalités fictives, de mythes, pour tenter d'apaiser leurs peurs et justifier leurs échecs permanents.

Péter une durite au bout d’une semaine de demi confinement... Faut pas se demander pourquoi les asiatiques ont réglé l’épidémie au printemps entre des gouvernements qui ont moins tergiversé à sanctuariser leur bled et une population acceptant de fortes contraintes pendant quelques semaines puis des contraintes plus légère sur la durée.

Quand on pense que certaines populations dans le monde rêveraient de vivre en confinement avec les conditions que l'on a!

Castor_Troy, c’est clair. Et le paradoxe c’est qu’après avoir bien serré les fesses, les pays qui ont fait un effort linaire sur la durée, n’ont pas de 2ème vague, sauvent leur économie et retrouvent une vie sociale quasi normale.

Même lors du 1er confinement chez nous, au bout de 2-3 semaines c’était squattage des hypermarchés, baskets entre potes et apéros aux 4 coins des villes. Et dès la mi avril la majorité des gueulards demandaient un déconfinement open bar, qu’ils ont obtenu.
Aujourd'hui on claque un confinement très gentillet et ça commence déjà à fronder au bout de quelques jours et à exiger la teuf sans contraintes pour les fêtes de fin d’année...

Perso j’ai perdu mon boulot pendant mon arrêt maladie , passé 9 mois sur 11 en confinement et j’ai la patate .

Péter une durite au bout d’une semaine de demi confinement... Faut pas se demander pourquoi les Japs comme Sakai et Nagatomo ont réglé l’épidémie au printemps entre des gouvernements qui ont moins tergiversé à sanctuariser leur bled et une population acceptant de fortes contraintes pendant quelques semaines puis des contraintes plus légère sur la durée.

randoulou,

Bon faut quand même capter qu'Oukimaya soit à bout...

Clair que Sakai n arrange pas les choses.

J ai juste besoin de faire du sport , rien d autre. Je ne dis pas que je vais sauter sur tout ce qui bouge et faire la fête avec 15000 personnes , juste besoin de me défouler un peu

Le sport est quelque chose de vital pour moi, , et courir pour courir je n y arrive pas , il me faut au moins un ballon ou une raquette

Modifié en dernier par oukimaya le 09 Nov 2020, 07:46, modifié 2 fois.

Péter une durite au bout d’une semaine de demi confinement... Faut pas se demander pourquoi les asiatiques ont réglé l’épidémie au printemps entre des gouvernements qui ont moins tergiversé à sanctuariser leur bled et une population acceptant de fortes contraintes pendant quelques semaines puis des contraintes plus légère sur la durée.

C est un tout, trop facile de dire cela pour moi .

Quand tu fais des horaires de tares au boulot , que tu ne penses qu a cela le week-end car tu es enfermé chez toi , je peux t assurer que y a moyen de péter un câble rapidement

L'art de la résilience au XXIème : être dur envers les autres et doux envers soi-même.

Chronique d'une génération d'enfants égoïstes et apeurés, vivant de réalités fictives, de mythes, pour tenter d'apaiser leurs peurs et justifier leurs échecs permanents.

C est beau ce que tu dis , tu devrais aller sur un forum psy ou autre, tu as un niveau bien trop élevé pour nous autres

Dans le fond il a tout à fait raison
Ça sort même du cadre du covid, mais si chacun était aussi exigeant qu’il ne l’est avec l’autre, la France vivrait sacrément bien !

Non mais JPP provoque Ouki. Il disait lui même que ça le faisait chier le confinement et qu’il voulait aller boire des bières.
Moi ce qui me fait chier, c’est les restaurants et les commerces à l’agonie. A la limite me priver de libertés un temps ok, mais la ca sera un désastre économique, social, moral.
Je suis favorable à un confinement des personnes vulnérables et des restrictions de déplacements pour les autres, mais au moins qu’on permette à tout le monde de bosser. J’entends l’argument de solidarité entre les générations, mais que les retraités fassent un plus gros effort pour que leurs enfants, petits enfants gardent leurs boulots et financent leurs retraites, ça ressemble à de la solidarité non ?

Péter une durite au bout d’une semaine de demi confinement... Faut pas se demander pourquoi les asiatiques ont réglé l’épidémie au printemps entre des gouvernements qui ont moins tergiversé à sanctuariser leur bled et une population acceptant de fortes contraintes pendant quelques semaines puis des contraintes plus légère sur la durée.

C est un tout, trop facile de dire cela pour moi .

Quand tu fais des horaires de tares au boulot , que tu ne penses qu a cela le week-end car tu es enfermé chez toi , je peux t assurer que y a moyen de péter un câble rapidement

On est tous pareil à ronger notre frein (enfin sauf les zen asiatiques). Mais faire un footing quotidien est une bonne soupapes de sécurité. Au bout d’un mois je dis pas, c’est clair qu’un foot ou basket devient une obsession mais plutôt pour le côté camaraderie que pour le besoin de faire du sport. Il y a des moyens d’en faire individuellement ou « parallèlement » avec des proches.

Puis même en s’en branlant du Covid c’est pas le moment de se blesser en s’excitant sur un sport co ou en forçant tout seul, avec les hôpitaux qui déprogramment les interventions non vitales. Quand tu vois que des gens ont vu leur transplantation repoussée à 2021 sauf dégradation subite... Ça calme.

Faut se dire que plus on jouera aux cons, plus on sera pénalisé sur la durée. En mai dernier on avait encore l’excuse de pas savoir si une 2ème vague pouvait vraiment se produire. Maintenant on sait que ce virus est latent. Donc si on fait n’importe quoi on se tapera à tous les coups un 3ème confinement.

Donc des medecins dans le Pays-Basque ont pour de vrai, produit des certificats medicaux autorisant des surfeurs à pratiquer leur sport malgre le confinement, pour preserver leur equilibre psychologique..

Ah la racaille bourgeoise alors.. Incapables de s’accomoder de règles contraignantes sans trouver le moyen de gruger.